مستند قصه قرآن، از تعدادی افراد در چهار بخش درباره قرآن سوالاتی می‌پرس؛ در بخش اول، مشخص می‌شود که این افراد حافظان قرآن هستند. هریک در این بخش، با جهان‌بینی خودشان، تعریفی از قرآن ارائه می‌دهند. در بخش دوم فیلم، حافظان تجربه‌های درونی‌ای را مطرح می‌کنند که نه تنها اثر قرآن بر خودشان را بازگو می‌کنند، بلکه این اثر به مخاطب هم منتقل می‌شود. در بخش سوم که می‌توان حفظ قرآن نامیدش، مصاحبه‌شوندگان از مسیر خود در حفظ قرآن سخن می‌گویند، یکی از آن‌ها از این مسیر، با عنوان سفر درونی یاد می‌کند. مستند در این بخش، تیتری را می‌آورد: سعی بی‌نهایت. یعنی تا ابد این مسیر حفظ برای هر حافظ ادامه دارد. در بخش آخر یعنی معجزه قرآن، نظریه‌های معجزه قرآن در نجوم و تاریخ و... مطرح می‌شود.